A história começa na Grécia, onde turistas se deparam com Seiya tomando uma surra de Marin (entenda-se "sendo treinado"). Marin tem dúvidas da capacidade de Seiya de derrotar o impiedoso Cássio, aluno de Shyna de Ofiúco. Seiya avisa: "deixarei a prova no Sol." Os turistas têm a impressão de que o Sol rachou quando Seiya explode seu Cosmo num soco que abre uma cratera no chão; sua mestra agora está segura do seu sucesso. Os turistas, confusos, procuram um sábio grego, que lhes conta sobre Atena e seus Santos, os quais não constam na mitologia. No final da segunda história, Seiya parte para o Japão, e vemos Marin de costas com sua máscara nas mãos.
A terceira história começa com a coletiva de imprensa na mansão Kido onde a existência dos Santos é anunciada e explicada (muito melhor que no anime) ao mundo, juntamente com o Torneio Galáctico.
Hyouga do Cisne recebeu uma carta do Santuário, na qual lhe era ordenado matar todos os demais Santos de Bronze. O Santo das terras gélidas mudou de idéia após conhecer o caráter de Seiya de Pégaso e Shiryu do Dragão durante o combate entre ambos.
A batalha ocorre não no Vale da Morte, mas sim nas grutas conhecidas como os Dez Buracos de Vento (Juu-fuu-ketsu), no sopé do monte Fuji, ao sudoeste da floresta Aokigahara.
No anime, o Santo do Cisne Negro teleporta uma parte da sua máscara a Ikki (o pequeno cisne); no mangá, é o seu próprio olho (direito) que é enviado, como se as imagens dos ataques do Cisne tivessem ficado gravadas na retina! Além disso, diferente do anime, no mangá são dois Santos do Dragão Negro (gêmeos), não apenas um.
Impressionado com o espírito de amizade de Shiryuu, Mu observa os combates dos Santos de Bronze. Ele mesmo teleporta Shiryuu para o campo de batalha.
A memória de Ikki do que ocorreu na Ilha Rainha da Morte é bem diferente e muito mais longa que no anime. No anime, seu mestre Guilty não conseguia ensiná-lo a odiar, para que o derrotasse e ganhasse o Traje de Fênix. Matou sua própria filha, Esmeralda, durante o treinamento, sem sequer se importar. Com isso, Ikki finalmente teria aprendido a odiar de toda a sua alma e massacrado seu mestre, tornando-se o Santo de Fênix. No mangá, entretanto, Esmeralda era uma mera escrava sem qualquer relação com Guilty. Ikki a livrou do seu senhor e fugiria com ela, mas ela morreu da mesma forma que no anime. Ikki perfurou o coração de Guilty com todo o seu ódio, e este contou-lhe, antes de morrer, que todos os cem órfãos reunidos por Kido eram filhos de Mitsumasa. O espírito de justiça de Ikki não suportou a notícia, e ele se decidiu a apagar todo e qualquer rastro de seu odiado pai da face da terra: a fundação, seus irmãos e si mesmo. Guilty teria contado a seu aluno que o território próximo ao vulcão da ilha stava sob domínio dos Santos Negros, cujo chefe era Jango. Nas mãos de Jango estaria o Traje de Fênix. Ikki derrotou os veteranos dos Santos Negros para chegar a Jango, e o aniquilou. Por direito, o Traje de Fênix tornou-se dele, bem como o comando de toda a ilha e seus ocupantes. No anime, Jango e sua tropa (com exceção dos veteranos e dos Sombras) só apareceriam muito mais tarde, num retorno de Ikki à ilha após o confronto com os Santos de Prata.
No anime, ao fim da batalha com Ikki, os Santos de Bronze são atacados por Docrates e Ikki é engolido por uma avalanche. No mangá, entretanto, são atacados pelos Santos de Prata, que destroem a caverna onde estavam. Mu os teleporta para diferentes locais. (Para mais, leia ‘Os Santos de Prata’.)
Os seguintes Santos não existem no mangá: Dócrates, Geist e seus Santos Fantasmas (Golfinho, Medusa e Serpente Marinha), Cristal (o instrutor de Hyouga no mangá é Camus de Aquário). Os comandantes Gigars e Píton também são "exclusividade" do anime.
A história decorre de maneira divergente, a saber:
Mesmo não sendo rival para Ikki, Seiya alcança a vitória com a ajuda do Traje de Ouro, do Escudo do Dragão e da Corrente de Andrômeda, e dos Cosmos dos seus amigos. Derrotado, Ikki revela a Seiya seu parentesco. Seiya recebe a notícia com o mesmo horror que Ikki. Neste momento, o Santo de Prata Misty do Lagarto derruba a caverna. Ele e os Santos de Prata Moisés da Baleia, Asterion do Cão, Babel do Centauro e Marin da Águia foram enviados pelo Papa do Santuário para destruir os Santos de Bronze "criminosos". Porém, Mu teleporta os Santos de Bronze para locais diferentes. Acompanhado de Kiki, Mu carrega Seiya, que está inconsciente, no teleporte. Kiki percebe estarem sendo seguidos por Misty, e Mu resolve parar numa praia para dialogar.
Como de costume, Mu se limita a observar ao longe, com Kiki. Seiya acorda e Misty explica que vieram matá-lo. Misty confronta Seiya mas de repente Marin perfura o peito de Seiya, que cai morto. Três outros Santos de Prata chegam, cada qual carregando o corpo de um Santo de Bronze: Moses da Baleia com Cisne, Asterion dos Cães de Caça com Andrômeda e Babel do Centauro com Dragão. Os quatro Santos de Bronze são então enterrados na praia. Enquanto os outros saem, Misty fica, suspeitando de algo. De repente ele acerta a cova de Seiya. Seiya salta de dentro; tudo não passou de uma ilusão lançada por Marin. O combate reinicia, e Seiya surpreende a todos com sua vitória. Descobre que os corpos enterrados são os dos Santos Negros; Mu enganou os Santos de Prata com ilusões de óptica. Seiya não pretende fugir nem se esconder, então deixa sua carta de Santo e parte.
Babel retorna à procura de Misty, apenas para encontrar seu cadáver. Fica perplexo ao encontrar a carta de Pégaso. Surge Hyoga, que seguia o cosmo ardente de Seiya. Babel é facilmente suplantado. Hyoga também deixa sua carta e se vai. Asterion, Moses e Marin retornam, e os dois percebem a traição de Marin. Derrotam-na e a amarram de cabeça para baixo sobre o oceano com a maré subindo. Seiya retorna para salvá-la e derrota Moses, mas é sobrepujado por Asterion. Antes que Seiya fosse executado, Marin se liberta e derrota Asterion.
Os quatro Santos de Bronze se reúnem onde Seiya havia desmaiado e encontram a mensagem de Marin: "Seiya, protega Atena". Não entendem a mensagem; Seiya nem se importa. Seiya conta que os Santos de Prata acreditam que o Traje de Ouro que têm em mãos é falso, e que Ikki descobriu que são filhos de Mitsumasa. Hyoga já sabia. Após o choque, se dirigem ao Coliseu.
Os Santos de Bronze encontram o Coliseu Grado em ruínas, e suspeitam ser obra de Santos de Prata. Encontram Saori com o Báculo da Vitória (a deusa Nice) e deixam o Traje de Ouro "falso". Saori insinua que é mais verdadeiro que aparenta e lhes revela sua verdadeira origem. Conta como foi salva pelo moribundo Santo de Ouro Aioros de Sagitário 13 anos atrás, como tem sido desde então protegida por Mitsumasa e que os quatro são os eleitos da cavalaria para fazer justiça. Ninguém acredita e os quatro partem.
Saori é sequestrada por Jamian do Corvo, cujas aves também levam o Traje de Ouro. Seiya é encarregado de salvar Saori enquanto os outros perseguem as partes do Traje de Ouro. Pégaso confronta o Corvo, mas o Santo de Prata o encurrala num precipício com a ajuda de Shyna do Serpentário (Ofiúco). Seiya se arrebenta no precipício protegendo Saori, que volta os corvos de Jamian contra seu mestre. Ikki ressurge das cinzas e termina com Jamian. Surgem mais 3 Santos de Prata: Capella do Cocheiro, Dante de Cérbero e Algol de Perseu. Ikki derrota Capella e surgem os demais Santos de Bronze. Ikki parte, tendo sido aconselhado por Hyoga para se submeter à chama do vulcão da ilha mediterrânea Canon por uma semana, para evitar perder o braço pelo congelamento durante seu duelo. Shun derrota Cérbero mas ele e Hyoga sào transformados em pedra pelo Escudo da Medusa de Algol. Shiryuu sacrifica os próprios olhos para derrotá-lo.
Enquanto passeava na praia com Miho, Seiya é atacado por Misty e tudo ocorre como no mangá, exceto pela ausência dos demais Santos de Bronze e Babel, que é derrotado com a ajuda dos Santos de Aço (!?) (Outra classe a mais...).
Seiya, Shun e Shiryu decidem ir ao Santuário, mas seu avião é derrubado pelo Espartano, que os enfrenta acompanhado por Shyna da Serpente e Algol. Os Santos de Aço reaparecem. Ao fim da batalha, Shiryu se cega e mata Algol. Descobre-se que os Santos de Aço são um grupo de atletas projetado por Mitsumasa como presente a Saori quando esta conhecesse sua origem divina.
Saori é seqüestrada por Jamian, que vem acompanhado com Shyna, derrotada com a ajuda de Hyouga e Shun. Seiya os segues e salva Saori. Surgem Dante e Capella. Ikki surge para derrotar Capella, enquanto Shun termina com Dante.
Ikki retorna à Ilha da Rainha da Morte onde derrota alguns Santos Negros (novos!!) e por fim Jango.
Na China, Shiryu confronta seu inimigo jurado, Ohko do Tigre (mais um...).
Seiya recorre a Mu por uma cura para a cegueira de Shiryu e tem de confrontar outro Santo "inédito", Arachne da Tarântula.
No mangá: Imediatamente após Shiryuu derrotar Algol, vemos a cena em que o Papa do Santuário convoca os Santos de Ouro Milo do Escorpião e Eólico (Aiolia) do Leão para que dêem cabo dos Santos de Bronze renegados de uma vez por todas, explicando-lhes o perigo de reunirem três Santos de Ouro contra o Santuário: Áries, Libra e Sagitário. Diz que acreditava que o Traje de Sagitário em posse da Fundação Graad fosse falso pois assumiu uma forma diferente, mas agora sabe tratar-se do verdadeiro.
Enquanto isso, no Japão, Seiya está sob cuidados médicos. A cena é ligeiramente diferente no anime. No mangá, Shun está presente, e conta que Hyoga retornou à Sibéria para velar o sono de sua mãe e cultivar as planícies gélidas junto a Yakoff, e que Shiryuu retornou com Shunrei aos cinco picos, onde encontrará um remédio para seus olhos. Como Ikki está no Mediterrâneo se recuperando do duelo com Hyoga, Shun vai viajar e Seiya partirá em busca de sua irmã, os cinco provavelmente não se reunirão mais no Japão. Saori deixou a urna de Sagitário com Seiya, contra sua vontade. Nada disso ocorre no anime.
À noite, Seiya é atacado por Shyna. No anime, sua luta se desloca até a floresta que cerca o hospital. No mangá, entretanto, o duelo é interrompido ainda no quarto pelo Traje de Sagitário, cuja urna é aberta acidentalmente por Seiya. O Traje de Ouro voltou à forma original. Imediatamente em seguida, Shyna percebe um cosmo enorme e os dois são puxados para fora por sua força. É o Santo do Leão. O encontro transcorre de forma quase idêntica tanto no anime como no mangá. Exceto que, no mangá, quando Saori chega ao local, há um corte para a Grécia, onde vemos o conflito das duas personalidades opostas do Papa. Além disso, enquanto Saori explica a Eólico o que aconteceu nestes 13 anos, conta que Mitsumasa modificou a aparência do Traje de Sagitário para não levantar suspeitas e fingiu tê-la comprado de um antiquário na Finlândia; conta, ainda, que soube de sua origem divina por ele, no seu leito de morte, cinco anos atrás.
June do Camaleão vem sozinha da Ilha de Andrômeda para impedir Shun.
No mangá, Shaka não tem discípulos. Ikki vem diretamente do vulcão da ilha de Cânon e salva seus irmãos.
Na Casa de Sagitário, não há armadilhas, apenas o testamento de Aioros.
Quando Seiya ergue o Escudo da Justiça e mira o reflexo na flecha dourada que aflige Saori, Gêmeos também é iluminado e o espírito de Ares é "exorcizado". Saga, a verdadeira alma do Santo dos Gêmeos, ajoelha-se perante Atena (que subiu as escadas) e levanta a hipótese – que não deve se concretizar de forma alguma – de que Ares pode possuí-lo a qualquer momento e suicida-se com um golpe no coração.
Há 13 anos, Saga subiu o Pico Estelar, contra a lei do Santuário, assassinando em seguida o Papa Sion. Disfarçando-se deste, o Santo dos Gêmeos atentou contra Atena, salva por Éolo (Aeolos) do Arqueiro. Durante a fuga, o irmão de Eólico (Aeolia) é dado como morto por Shura do Bode mas recupera a bebê Atena e se arrasta até o Partenão da acrópole de Atenas, onde entrega seu Traje de Ouro e Atena ao turista Mitsumasa Kido.
Saint Seiya: © Masami Kurumada / Shueisha - Toei Company